indonesia VARIATION OF CONCENTRATION AND REPEATED USE OF TRIS ACETAT EDTA BUFFER ON DNA TAPE QUALITY Mycobacterium tuberculosis

Abstrak

Latar Belakang : Mycobacterium tuberculosis yang resisten isoniazid (INH) terjadi akibat mutasi gen, sebagian besar terjadi pada gen katG. Telah ditemukan primer untuk mengidentifikiksai mutasi pada gen katG terjadi dengan panjang produk primer yang bervariasi. Namun hal ini belum dibuktikan secara laboratorium. Dilakukan variasi konsentrasi buffer TAE 0,5x, 1x, dan 1,5x, dan penggunaan buffer TAE secara berulang. hal ini untuk melihat pengaruh variasi konsentrasi terhadap kualitas pita DNA Mycobacterium tuberculosis. Metode : Jenis penelitian yang dipakai adalah quasi eksperimen, Subjek penelitian yang digunakan adalah larutan buffer TAE dengan konsentrasi 0,5x, 1x dan 1,5x yang digunakan secara berulang pada tahap elektroporesis, bahan pemeriksaannya adalah DNA Mycobacterium tuberculosis hasil PCR. Visualisasi hasil elektroforesis pada seluruh sampel dibandingkan dengan ukuran ladder yang digunakan dan semua  produk  yang dihasilkan berada pada ukuran base pair yang sesuai. Penggunaan aplikasi ImageJ dalam proses analisa ukuran DNA menjadi salah satu alternatif yang bisa membantu  menilai ukuran pita DNA. Hasil Penelitian : Pada hasil penelitian yang dilakukan, ditemukan bahwa pita DNA  Mycobacterium tuberculosis yang resisten isoniazid (INH) gen katG  untuk MDR TB pada kodon 315  dengan ukuran produk 101 bp  S315T, 141 bp S315N, 200 bp S315I, 247 bp S315R, 290 bp S315G dan 400 bp R463L diperoleh kepadatan pita DNA pada elektroforesis dengan menggunakan konsentrasi buffer TAE 0,5x ditunujukkan dengan luas area yang terbentuk paling tinggi dibandingkan dengan konsentrasi 1x dan 1,5x, dan dari penggunaan berulang buffer TAE sebanyak dua kali didapatkan visualisasi pita DNA yang masih baik, hanya saja mempengaruhi luas area pita DNA ketika dibaca menggunakan aplikasi ImageJ. Kesimpulan : konsentrasi buffer TAE 0,5x yang mampu memberikan luas area paling tinggi dibandingkan dengan konsentrasi buffer TAE 1x dan 1,5x. Dari proses pengulangan tidak mempengaruhi visualisasi pita DNA namun berpengaruh terhadap luas are yang terbentuk semakin kecil.

Kata kunci: Elektroforesis; Konsentrasi buffer TAE;  Mycobacterium tuberculosis; Penggunaan berulang buffer TAE